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Laboratoires

De nombreux laboratoires dans le monde entier ont retenu Aphelion™ comme leur plateforme préférée pour développer des applications en analyse d’images et quantification. Les utilisateurs de ces laboratoires apprécient à leur juste valeur les capacités du logiciel comme :

• Une librairie d’opérateurs extrêmement complète pour traiter des images plus ou moins complexes.
• Un enregistreur de macro-commandes pour automatiser un processus, sans avoir recours à la programmation. De plus, le logiciel propose des outils pour traiter des séries d’images.
• Un ensemble d’interfaces logicielles afin de contrôler des équipements scientifiques tels une caméra, un scanner, un microscope, une platine motorisée, etc.
• Un environnement ouvert pour développer des applications autonomes et une interface utilisateur conviviale pour rapidement prototyper une application d’imagerie.

Voici plusieurs exemples d’applications dans le domaine de l’analyse d’images et plus particulièment la microscopie qui illustrent la puissance et la souplesse du logiciel Aphelion :

Exemple 1 : Science des matériaux

Equipement : Microscope optique avec caméra digitale
Application : Taille de grains

Dans cette application, le logiciel Aphelion contrôle la caméra montée sur un microscope optique, affiche les images provenant de la caméra et en cours de traitement, et finalement contrôle le déplacement de la platine motorisée. Aphelion réalise également le calibrage des mesures après que l’utilisateur ait défini la taille des pixels de l’image dans les directions X et Y.

L’extraction des grains est ensuite réalisée de manière automatique par Aphelion en utilisant des techniques de segmentation disponibles dans le logiciel. Après la phase de segmentation, les utilisateurs peuvent utiliser l’éditeur d’images binaires ApxEditor afin d’annoter l’image et améliorer le résultat de la détection. Finalement, les mesures comme la distribution en taille et la longueur des frontières sont calculées et corrigées des effets de bord de champ. Des mesures selon les normes ASTM sont également calculées en utilisant les nombres d’intercepts.

Image originale

Skiz

Image finale

Grille

Voir aussi :

• Aphelion Dev - Aphelion version 4.
• Aphelion Lab - Aphelion version 4 allégée.
• Image processing library et Object processing library - Fonctions de traitement d’image et objets.

Exemple 2 : Biologie et Anatomo-Pathologie

Equipement : microscope optique équipé d’une platine motoriée multi-lames, d’une caméra vidéo et d’une carte d’acquisition
Application : Détection des immuno-marqueurs

Dans cette application, le logiciel Aphelion contrôle la caméra et la platine motorisée dans les directions X, Y et Z. L’utilisateur définit préalablement la zone à analyser, puis le logiciel balaie automatiquement la zone et effectue de simples acquisitions. Si nécessaire, plusieurs zones peuvent être définies avec recouvrement des champs. Dans le cas où la platine ne serait pas motorisée, il est demandé à l’utilisateur de la déplacer manuellement puis d’utiliser le module optionnel « Image Montage » afin de reconstruire automatiquement une grande image à partir des petites imagettes.

L’analyse inclut la détection des marqueurs (cellules brunes), la mesure de taille, le comptage et le pourcentage de cellules marquées par rapport à la population totale de cellules. A l’origine, la macro avait été développée sur un nombre fini d’images de test, par la suite, elle a été modifiée et validée sur des milliers d’images. C’est maintenant une application qui tourne en routine dans plusieurs laboratoires à l’échelle mondiale.

Image originale

Détection des cellules

Distribution en taille

Voir aussi :

• Aphelion Dev - Aphelion version 4.
• Aphelion Lab - Aphelion version 4 allégée.
• Virtual image capture et Virtual image stitcher - VIS génère une image virtuelle grâce à l’ensemble d’images capturées par VIC.
• Multifocus Extension - Fusion d’images provenant de plan focaux différents.

Exemple 3 : Tous domaines

Equipement : Dépendant de l’application
Application : Développement d’algorithmes d’analyse d’images à l’aide du logiciel Aphelion

Un ensemble d’images JPEG est acquis en utilisant Aphelion ou un autre logiciel. Toutes les images sont ensuite sauvegardées dans une base de données sur le disque dur du PC. Cet ensemble d’images est finalement utilisé pour développer et valider l’algorithme.

Depuis l’interface utilisateur, les fonctions de traitement les mieux appropriées à la résolution de l’application sont choisies. Les paramètres associés à chaque fonction sont modifiés et ajustés afin d’optimiser la détection. Toutes les fonctions retenues sont automatiquement enregistrées dans une macro, les mesures s’affichent à l’écran, et si on le souhaite, sont exportées vers Microsoft Excel.

Une fois la macro développée et testée, elle est exécutée sur toutes les images après avoir ajouté une boucle balayant toutes les images de la base de données. Si besoin est, la macro peut être rendue interactive afin de laisser la possibilité à l’utilisateur d’ajuster les paramètres de certaines fonctions comme un seuillage. Cette macro peut ensuite être lancée depuis l’interface ou bien être convertie en programme autonome Visual Basic, Delphi ou Visual C++ appelant les composants ActiveX d’Aphelion, depuis une interface dédiée spécialement conçue pour être utilisée par des personnes non expertes en traitement et analyse d’images.

Microscope électronique à balayage

Microscope optique

Voir aussi :

• Aphelion Dev - Aphelion version 4.
• Virtual image capture et Virtual image stitcher - VIS génère une image virtuelle grâce à l’ensemble d’images capturées par VIC.
• Multifocus Extension - Fusion d’images provenant de plan focaux différents.