Module 3D : afficher, traiter et analyser en 3 dimensions

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Les utilisateurs d'Aphelion™ peuvent maintenant traiter et visualiser des images tridimensionnelles grâce à deux modules optionnels de même fonctionnalité et puissance de calcul que leurs équivalents en 2D. En effet, la gamme de produits Aphelion™ a été récemment enrichie de deux modules capables de traiter des images tridimensionnelles (3D Image Processing) et de les afficher (3D Image Display). L'utilisation de ces deux modules dans l'environnement Aphelion™ permet ainsi de traiter des images acquises par un microscope électronique à transmission, un microscope confocal, un scanner médical, ou tout autre système d'acquisition 3D. Les images acquises, parfois de grande taille, peuvent ainsi être traitées, analysées et affichées depuis l'interface utilisateur du logiciel.

Module 3D Image Display

Partant des fonctionnalités multiples déjà existantes pour l'affichage d'images 2D dans Aphelion™ Developer, de nouvelles possibilités ont été ajoutées afin de pouvoir visualiser dans le même environnement des images 3D. Les trois images ci-dessous illustrent les différents modes de visualisation disponibles dans le module d'affichage 3D. Le module conserve le même aspect que l'interface standard de la version 2D du logiciel. Les utilisateurs ayant des projets de recherche en imagerie 3D ou des applications nécessitant le traitement d'images tridimensionnelles trouveront que les outils mis à leur disposition dans le module 3D leur permettent de rapidement prototyper leurs algorithmes en affichant en quasi temps réel les images intermédiaires en cours de traitement. Attention, pour pouvoir fonctionner, le module nécessite l'installation du module 3D Image Processing.

Le module 3D Image Display inclut également l'enregistreur AVI® (Aphelion™ AVI® Creator) qui permet d'enregistrer des animations dans lesquelles chaque image correspond à une modification de l'objet 3D, comme la rotation, la position ou l'intensité de la lampe, le mode de visualisation, etc.

Ces animations peuvent être sauvegardées comme fichier AVI ou comme une série d'images au format TIFF®, JPEG® ou bitmap afin d'être facilement importées dans des pages web ou des présentations Microsoft Powerpoint.

Aphelion GUI in 3D mode

Image gracieusement fournie par le Synchrotron de l'ESRF (Grenoble). Collaboration entre le GEMPPM (INSA, Lyon) et le Centre de Morphologie Mathématique (Fontainebleau).

Ajouter de l'affichage d'images 3D dans votre application est vraiment facile grâce au module Aphelion™ 3D Image Display. Ce module est disponible sous forme d'un composant ActiveX® ayant les fonctionnalités suivantes :

  • Affichage d'objets 3D comme une série de coupes 2D, un objet composite 3D ou une isosurface
  • Contrôle des sources lumineuses et des angles de visualisation
  • Contrôle du contexte d'affichage (intensité, zoom, etc.)
  • Affichage des sections dans les directions X, Y et Z
  • Contrôle des tables de couleurs et des intensités lumineuses
  • Contrôle avec la souris ou le clavier des six degrés de liberté
Image 3D de betterave affichée en mode
isosurface. Image 3D de cellules affichée en mode
composite. Simulation 3D visualisée en mode composite
avec découpage
Image 3D de betterave affichée en mode isosurface. Image fournie par l'INRA POI, Nantes Image 3D de cellules affichée en mode composite. Image fournie par le GRECAN, Caen Simulation 3D visualisée en mode composite avec découpage

Module 3D Image Processing

Partant du module de traitement d'images 2D du logiciel Aphelion™, la majorité des opérateurs a été portée dans l'environnement 3D afin de pouvoir traiter et analyser les images tridimensionnelles. Par exemple, la convolution, l'addition, la soustraction, le maximum, l'érosion, la dilatation, la fonction distance, l'étiquettage, les bassins versants, le seuillage et encore bien d'autres opérateurs sont maintenant disponibles dans l'espace 3D. Le module inclut également des mesures 3D et supporte les Objectsets 3D.


Liste des opérateurs disponibles dans le module Aphelion™ 3D Image Processing and Analysis

Analyse
ImgArea
ImgAutoCorrelate
ImgBandHistogram
ImgBoundingBox
ImgCompare
ImgCorrelateWithTemplate
ImgCountObjects
ImgCrossCorrelate
ImgFirstPoint
ImgHistogram
ImgLocalVariance
ImgMoments
ImgProfile
ImgRange
ImgTrace
ImgVolume
ObjAttributeRatio
ObjHistogram
ObjMoments
ObjShape (Volume, Surface,
Intercepts, Compactness, Sphericity)
RegionStatistics

Arithmétique/Logique
ImgAbs
ImgACos
ImgAdd
ImgAddConstant
ImgAnd
ImgASin
ImgATan
ImgBitAnd
ImgBitDifference
ImgBitNot
ImgBitOr
ImgBitXNor
ImgBitXOr
ImgBlend
ImgCos
ImgDivide
ImgExp
ImgExp10
ImgInvert
ImgLeftShift
ImgLog
ImgLog10
ImgLogicalDifference
ImgMask
ImgMaximum
ImgMinimum
ImgMultiply
ImgMultiplyConstant
ImgNAnd
ImgNOr
ImgNot
ImgOr
ImgRemainder
ImgRightShift
ImgSin
ImgSqr
ImgSqrt
ImgSubtract
ImgSubtractConstFloor
ImgTan
ImgXNOr
ImgXOr

Détection de contours
ImgExternalGradient
ImgInternalGradient
ImgLaplacian
ImgMorphGradient

Filtrage
ImgBoxFilter
ImgConvolve
ImgGaussianFilter
ImgHighPass3x3
ImgHighPass5x5
ImgHighPass7x7
ImgLaplacian
ImgLaplacian3x3
ImgLaplacian5x5
ImgLaplacian7x7
ImgLowPass3x3
ImgLowPass5x5
ImgLowPass7x7
ImgMedian
ImgMedian3x3
ImgMedian5x5
ImgMode
ImgMode3x3
ImgRankValueFilter
ImgWallisFilter

Domaine Fréquentiel
ImgFFT
ImgInverseFFT

Utilitaires d'images
ImgClear
ImgClip
ImgCopy
ImgCreateGaussianNoise
ImgCreateUniformNoise
ImgCut
ImgEqualizeHistogram
ImgFill
ImgFrame
ImgFree
ImgFreeAll
ImgImport
ImgLinearScale
ImgMapThroughLUT
ImgMultipleSubCopy
ImgPaste
ImgRead
ImgReadSlices
ImgSetName
ImgSetType
ImgSubCopy
ImgWrite
ImgWriteSlices

Morphologie Mathématique
ImgAddReconsClose
ImgAlternateSequential
ImgAreaClose
ImgAreaOpen
ImgAutoMedian
ImgBorderKill
ImgBorderKillAndHoleFill
ImgCatchmentBasins
ImgClose
ImgConstrainedCatchmentBasins
ImgConstrainedWatershed
ImgDilate
ImgDilateReconsClose
ImgErode
ImgErodeReconsOpen
ImgEuclideanDistance
ImgExtendedRegionalMaxima
ImgExtendedRegionalMinima
ImgGeodesicDilate
ImgGeodesicGraphDistance
ImgGraphDistance
ImgHoleFill
ImgLocalMaxima
ImgLocalMinima
ImgMorphContrast
ImgOpen
ImgOpenSkeleton
ImgReconstruct
ImgRegionalMaxima
ImgRegionalMinima
ImgSubtractReconsOpen
ImgUltimateErodedSet
ImgWatershed

Traitement d'objet
RegionClose
RegionDilate
RegionErode
RegionOpen
RegionOverlap

Utilitaires objet
ObjAppend
ObjCopy
ObjDeleteAttribute
ObjExport
ObjFilter
ObjFree
ObjFree
ObjFreeAll
ObjImport
ObjMerge
ObjRead
ObjSpatialAttributeToImage
ObjWrite

Segmentation
ImgAdaptivePercentileThreshold
ImgBlackTophat
ImgClustersObj
ImgClustersSplitConvex
ImgClustersToLabels
ImgEntropyThreshold
ImgEntropyThresholdObj
ImgExtremaThreshold
ImgHysteresisThreshold
ImgHysteresisThresholdObj
ImgLabelsObj
ImgMomentThreshold
ImgMomentThresholdObj
ImgRegionGrow
ImgRegionGrowObj
ImgSeededRegionGrow
ImgThreshold
ImgThresholdObj
ImgWhiteTophat
Transforms
ImgColorCompose
ImgColorToRGB
ImgScale

Films de démonstration