Exemples d'application en toxicologie

Analyse des comètes

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Interface utilisateur du logiciel

Logiciel pour l'automatisation du test des comètes sur gel d'électrophorèse

Le test des comètes (aussi appelé Single Cell Gel Electrophoresis Assay) permet la détection et la quantification de la détérioration de l'ADN induite par certains agents dans des cellules individualisées. En utilisant la version alcaline du test, les cassures simples ou doubles peuvent être détectées ainsi que les sites de réparation incomplets d'alcali-labile. Le test des comètes est utilisé afin d'évaluer la réparation d'ADN après exposition chimique ou irradiation. Les modifications spécifiques de base sont détectées après conversion des cassures purifiées par un enzyme de réparation. Ce test est de plus en plus fréquemment utilisé et on le trouve dans de nombreuses disciplines scientifiques comme la toxicologie génétique pour des études in vitro et in vivo ou encore le bio-monitoring en environnement clinique et de recherche. C'est un test facile à mettre en oeuvre, peu cher et fiable, et il faut noter que de nombreux laboratoires dans le monde entier utilisent des techniques de traitement d'images afin d'analyser les comètes. Plusieurs laboratoires français réputés comme l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments, l'Agence de recherche sur le cancer, etc. utilisent le logiciel de test des comètes développé par ADCIS.

Le produit inclut :

  • La détection de la tête et la queue de la comète
  • La détection des cellules apoptotiques
  • Le calcul de mesures statistiques pour les comètes et les apoptoses
  • Le calcul du moment de la queue de la comète

Principaux avantages de l'outil logiciel

  • Paramétrable (orientation, sensibilité de détection, options d'affichage)
  • Détection automatique des com&eagrave;tes
  • Calcul automatique des mesures
    CometExtent, CometTotalIntensity, CometTotalArea, TailExtent, TailExtentMoment, TailOliveMoment, TailIntegratedIntensity, TailIntensityRatio, TailArea, TailBreaksNumber
  • Traitement par lot

C'est actuellement le seul logiciel capable de détecter des cellules fortement abîmées. L'analyse est indépendante du champ électrique initial. L'utilisateur peut éliminer le bruit de fond et repérer les cellules trop proches. Toutes les mesures sont calibrées et prennent en compte la taille des pixels ainsi que le biais engendré par des capteurs non carrés. Il est de plus possible de classer les cellules en différentes catégories et d'exporter les mesures associées dans Microsoft Excel. L'image résultat montrant l'analyse est visualisée à l'écran avec l'affichage de la tête et de la queue de la comète, telles que détectées par le logiciel, dans le plan graphique.

Le logiciel a été développé en partenariat avec le "Centre de Lutte contre le Cancer F. Baclesse" et le "Groupe de Recherche en Informatique, Image, et Instrumentation de Caen (GREYC)". Il pourrait, si besoin est, être adapté à des images acquises dans des conditions légèrement différentes.