Exemples d'applications en microscopie

Assistant semi-automatique pour la classification de chromosomes

L'assistant Cyto-Genetic est un outil semi-automatique capable de classer les chromosomes, détecter les télomères et apparier les paires de chromosomes.

L'assistant Cyto-Genetic inclut tout un environnement semi-automatique pour la classification de chromosomes. Bien que ce ne soit pas l'unique produit sur le marché, il a le mérite de proposer une technique de segmentation bien meilleure que dans les autres systèmes existants. Le logiciel, spécialement développé pour un client européen, propose l'appariement des paires de chromosomes et la validation par un expert des résultats obtenus à chaque étape de l'analyse.

L'interface utilisateur repose sur un ensemble de fenêtres indépendantes et une galerie d'images pour l'affichage des paires de chromosomes. Tous les résultats sont sauvegardés dans des fichiers sur disque et exportables dans le logiciel Microsoft Excel.

Le logiciel est une application totalement autonome développée en langage Visual Basic, appelant les composants ActiveX d'Aphelion™. Il a été développé pour le "Centre d'Etudes Atomiques" en France par les ingénieurs de la société ADCIS.

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Interface de Cyto-Genetic Ségmentation

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Interface de Cyto-Genetic Caryotype

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Interface de Cyto-Genetic Mesure

Les avantages de l'assistant Cyto-Genetic sont :

  • Application totalement autonome pouvant être installée sur plusieurs PCs en réseau
  • Méthode semi-automatique. A tout moment, l'utilisateur peut valider les résultats de la détection
  • Pas de phase d'apprentissage du logiciel, qui peut être utilisé immédiatement par une personne non experte en traitement d'images ou en cyto-génétique
  • Résout le problème des chromosomes se chevauchant

Analyse des comètes

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Interface utilisateur du logiciel

Logiciel pour l'automatisation du test des comètes sur gel d'électrophorèse

Le test des comètes (aussi appelé Single Cell Gel Electrophoresis Assay) permet la détection et la quantification de la détérioration de l'ADN induite par certains agents dans des cellules individualisées. En utilisant la version alcaline du test, les cassures simples ou doubles peuvent être détectées ainsi que les sites de réparation incomplets d'alcali-labile. Le test des comètes est utilisé afin d'évaluer la réparation d'ADN après exposition chimique ou irradiation. Les modifications spécifiques de base sont détectées après conversion des cassures purifiées par un enzyme de réparation. Ce test est de plus en plus fréquemment utilisé et on le trouve dans de nombreuses disciplines scientifiques comme la toxicologie génétique pour des études in vitro et in vivo ou encore le bio-monitoring en environnement clinique et de recherche. C'est un test facile à mettre en oeuvre, peu cher et fiable, et il faut noter que de nombreux laboratoires dans le monde entier utilisent des techniques de traitement d'images afin d'analyser les comètes. Plusieurs laboratoires français réputés comme l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments, l'Agence de recherche sur le cancer, etc. utilisent le logiciel de test des comètes développé par ADCIS.

Le produit inclut :

  • La détection de la tête et la queue de la comète
  • La détection des cellules apoptotiques
  • Le calcul de mesures statistiques pour les comètes et les apoptoses
  • Le calcul du moment de la queue de la comète

Principaux avantages de l'outil logiciel

  • Paramétrable (orientation, sensibilité de détection, options d'affichage)
  • Détection automatique des com&eagrave;tes
  • Calcul automatique des mesures
    CometExtent, CometTotalIntensity, CometTotalArea, TailExtent, TailExtentMoment, TailOliveMoment, TailIntegratedIntensity, TailIntensityRatio, TailArea, TailBreaksNumber
  • Traitement par lot

C'est actuellement le seul logiciel capable de détecter des cellules fortement abîmées. L'analyse est indépendante du champ électrique initial. L'utilisateur peut éliminer le bruit de fond et repérer les cellules trop proches. Toutes les mesures sont calibrées et prennent en compte la taille des pixels ainsi que le biais engendré par des capteurs non carrés. Il est de plus possible de classer les cellules en différentes catégories et d'exporter les mesures associées dans Microsoft Excel. L'image résultat montrant l'analyse est visualisée à l'écran avec l'affichage de la tête et de la queue de la comète, telles que détectées par le logiciel, dans le plan graphique.

Le logiciel a été développé en partenariat avec le "Centre de Lutte contre le Cancer F. Baclesse" et le "Groupe de Recherche en Informatique, Image, et Instrumentation de Caen (GREYC)". Il pourrait, si besoin est, être adapté à des images acquises dans des conditions légèrement différentes.

'ImagePath' Quantification de l'ADN et analyse de la ploïdie

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Système ImagePath DNA Ploidy

Les systèmes de la société ImagePath fournissent des solutions d'imagerie clef en mains pour les laboratoires.

La société ImagePath offre des produits de type reagent, des microscopes, des caméras avec ordinateurs et des systèmes d'imagerie propriétaires, dans le domaine de l'analyse de la ploïdie (mesure de l'ADN de noyaux cellulaires individualisés et marqués au Feulgen). Les systèmes ImagePath sont capables d'analyser automatiquement des milliers de noyaux à la minute ... une vitesse que l'on ne pouvait difficilement imaginer il y a quelques années.

Les systèmes de la société sont optimisés pour l'acquisition d'images couleur à des résolutions de 1315 x 1024 pixels - ce qui permet de voir des détails proches de la résolution optique du microscope. Les images acquises peuvent être annotées et sauvegardées sur disque, ainsi qu'exportées vers d'autres logiciels graphiques.

Le système ImagePath 300 comprend un logiciel spécialisé et performant d'analyse rapide de la ploïdie en suivant des instructions simples et intuitives depuis des menus déroulants et des procédures qui améliorent la précision et la reproductibilité des mesures obtenues. L'utilisateur peut interagir dans les images et les résultats de mesure grâce à des passages de message entre les différentes fenêtres de visualisation. Ainsi, des actions entreprises avec la souris dans une image entraînent le surlignement des données correspondantes dans les courbes de mesure ou dans les tableaux visualisés dans d'autres fenêtres.

'DRACCAR' Quantification de l'ADN et analyse de la ploïdie

Quantification de l'ADN et application en ploïdie pour la recherche contre le cancer

ADCIS et le Centre François Baclesse à Caen ont développé en partenariat un système complet pour quantifier l'ADN et analyser la ploïdie. il faut savoir que cette application est effectuée en routine dans des laboratoires impliqués dans la cyto-pathologie et l'oncologie. Partant d'algorithmes développés dans les années 90 sur un système sous UNIX, 1, ADCIS a porté tous les algorithmes de traitement d'images dans l'environnement d'Aphelion™ sur un PC sous Microsoft Windows®. Le portage de l'application sur un PC a grandement amélioré la performance et la facilité d'utilisation du logiciel basé sur les composants ActiveX d'Aphelion. L'utilisation d'Aphelion a également permis de réduire de manière importante le coût global du système.

Le système inclut un microscope optique équipé d'une platine automatisée pouvant se déplacer selon les directions X, Y et Z ; une caméra noir et blanc montée sur le microscope et un PC dans l'environnement Microsoft Windows® avec une carte d'acquisition et numérisation.

Les techniques de traitement d'images impliquées dans l'application sont plutôt complexes et peuvent être décomposées selon les étapes suivantes :

  • Acquisition d'une série d'images à partir d'un échantillon placé sur la platine motorisée. Le déplacement de la platine est totalement géré par le logiciel, où chaque étape de l'initialisation de la platine est définie depuis une interface utilisateur extrêmement conviviale basée sur des assistants multiples qui aident à configurer le système.
  • Les images issues de la caméra sont calibrées en utilisant des techniques basées sur l'analyse de la densité optique afin de s'assurer que la densitomètrie à l'intérieur des cellules est quasiment constante.
  • Ensuite, une segmentation est réalisée afin de générer une série d'imagettes contenant chacune une cellule, et une grille est remplie avec les attributs associés à chaque cellule.
  • Un ensemble de 19 paramètres basés sur la forme, l'intensité et la texture est calculé et sauvegardé dans la grille. Chaque ligne de la grille contient les données relatives à une cellule et l'ensemble correspond à un Objectset d'Aphelion.
  • Une classification manuelle est réalisée une fois pour toute pour chaque cancer analysé. Au cours de cette phase de classification, chaque cellule est placée dans une catégorie en fonction de la morphologie du noyau : cellules normales épitheliales, lymphocytes, cellules stromales et anormales, cellules de taille et texture non standard, etc.
  • Un modèle est dérivé de la base d'apprentissage, en utilisant des techniques basées sur l'analyse par composantes principales.
  • Lors de l'utilisation de l'application en routine, la classification automatique est réalisée en utilisant les mêmes méthodes statistiques et en partant du modèle issu de la phase d'apprentissage.
  • Après analyse de l'échantillon dans sa globalité, les différents histogrammes de ploïdie sont calculés pour les cellules normales et anormales et visualisés dans l'interface utilisateur.

Durant la phase de développement du logiciel, tous les résultats obtenus ont été comparés à ceux obtenus avec un cytomètre en flux. La souplesse d'utilisation du système basé sur l'analyse d'images a permis de montrer l'intérêt d'un tel système capable d'identifier et éliminer les débris et les cellules stromales non désirables. Il faut noter que les échantillons de formaline fixée et de paraffine ont pu être analysés avec le système développé dans le cadre de cette étude.

Les captures d'écran ci-dessous illustrent deux des fenêtres du logiciel.

Cell segmentation
Cell classification Cell classification
DNA Histogram 2D Cloud

Le développement spécifique réalisé par les ingénieurs de la société ADCIS a inclus la définition de l'interface utilisateur, l'implémentation des algorithmes de segmentation d'images, le contrôle complet de la platine motorisée et enfin le développement du module de classification qui est maintenant disponible sous forme d'un composant ActiveX autonome. L'application a été développée en langage Visual Basic et fait appel aux composants ActiveX et les Toolkits d'Aphelion.

Les développements futurs effectués sur le produit vont porter sur des analyses statistiques plus poussées comme l'analyse de la dispersion et les nuées dynamiques.

Cette application met en valeur la puissance des composants ActiveX du logiciel Aphelion utilisés dans le cadre de cette analyse automatique de la ploïdie. Le système a ainsi pu être développé rapidement et il est maintenant suffisamment ouvert pour être facilement maintenu et enrichi de nouvelles fonctionnalités.

ADCIS et le GRECAN du Centre anti-cancéreux François Baclesse sont actuellement en train de développer une application en biologie basée sur l'analyse des immuno-marqueurs et des outils spécifiques pour la pathologie clinique et expérimentale.

1 Bloyet et al., Cytometry, 1999, 37 (4), 267-274

'RAMIS' sélection de molécules innovantes inhibant la division cellulaire

Logiciel pour la sélection de molécules innovantes inhibant la division cellulaire

But du projet

Imagerie multi-paramétrique à haute résolution pour la caractérisation et la sélection de molécules et/ou de cibles protéiques innovantes agissant sur la division cellulaire.

Contexte

Au cours de ces dernières années, des stratégies de criblage de molécules basées sur la recherche d'un effet pharmacologique au niveau cellulaire, plutôt que moléculaire, ont pris un nouvel essor grâce au concept de criblage phénotypique à haut contenu (HCS).

Ce type de criblage permet de sélectionner directement des molécules capables de pénétrer les cellules et d'induire un changement phénotypique cellulaire d'intérêt. Il s'appuie sur l'utilisation combinée :

  • Du marquage de protéines spécifiques présentes dans les cellules (GFP ou anticorps fluorescents) ;

  • De l'imagerie microscopique automatisée ;

  • De l'analyse d'images.

L'analyse de changements phénotypiques complexes, combinant plusieurs marqueurs, plusieurs paramètres calculés à partir de ces différents marqueurs et plusieurs conditions de traitement, offre la possibilité de générer un phénotype et/ou des profils phénotypiques caractéristiques de l'effet pharmacologique d'une molécule donnée. La comparaison de profils phénotypiques peut alors permettre de sélectionner des molécules au mécanisme d'action original et/ou agissant sur des cibles innovantes. Pour être performants, les criblages phénotypiques nécessitent la mise en place de solutions technologiques adaptées à la détection, la quantification et l'analyse des changements observés.

Objectifs

L'objectif du projet RAMIS est de développer une stratégie innovante de criblage basée sur l'imagerie haute résolution pour la caractérisation phénotypique de nouvelles molécules et de nouvelles cibles interférant avec la division cellulaire de cellules cancéreuses humaines, en particulier avec la mitose.


Le projet comprend deux axes bien distincts mais complémentaires :

  • La constitution d'une base de données d'images à haut contenu d'information représentative de phénotypes induits par des traitements de référence (molécules, ARN interférent). Les images sont acquises avec une plate-forme de microscopie à fluorescence automatisée, à partir de cellules multi-marquées (ADN, microtubules, centrosomes, autre protéine). Dans un premier temps, ces images sont annotées manuellement par des experts afin de catégoriser chaque cellule et de formaliser la connaissance par apprentissage ;

  • Le développement d'un logiciel, appelé RAMIS (Rock, Module d'Analyse et Interface pour le Screening), capable d'analyser ces images au niveau des cellules individuelles et de la population de cellules, et capable de générer et comparer des profils phénotypiques caractéristiques des traitements appliqués. Ce logiciel basé sur le dialogue homme-machine est organisé autour :

    (a) d'un moteur de consensus formalisant les connaissances de biologistes experts,

    (b) de bases de phénotypes / profils phénotypiques,

    (c) d'un moteur de recherche et de comparaison pour permettre l'identification et la caractérisation de traitements originaux.

RAMIS : Constitution de la base d'images

Constitution de la base d'images

RAMIS : Identification automatique de nouveaux phénotypes

Identification automatique de nouveaux phénotypes

RAMIS : Pile d'images

Pile d'images

RAMIS : Résultat de la projection de la pile d'images

Résultat de la projection de la pile d'images
(Projection Toolkit)

Le logiciel RAMIS donnera un avantage compétitif à ses utilisateurs en permettant l'identification de molécules et/ou cibles originales. Son utilisation sera très intuitive et la base de données images pourra être enrichie par les utilisateurs. Le logiciel développé au cours du projet sera commercialisé par la société ADCIS.

Les partenaires du projet et leurs rôles

L'Institut de Recherche Pierre Fabre (IRPF), en charge de toutes les activités de recherche et développement des Laboratoires Pierre Fabre, qui apporte son expertise dans la découverte d'agents anticancéreux et dans les domaines de l'onco-pharmacologie, ainsi que ses compétences en matière d'acquisition d'images, de microscopie et de développement logiciel.

Le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), établissement de recherche public, qui apporte ses connaissances dans le domaine de la biologie cellulaire fondamentale et, en particulier, un haut degré d'expertise de la division cellulaire et des phénotypes associés.

ARMINES, association de recherche de Mines ParisTech, qui apporte son savoir-faire en analyse d'images pour développer des méthodes de description quantitative des cellules, son expérience en statistique, apprentissage et modélisation de systèmes biologiques pour la classification de phénotypes.

La société ADCIS qui apporte ses compétences dans le développement de logiciels innovants et performants basés sur des techniques d'imagerie. La contribution d'ADCIS comprend le développement de l'environnement du logiciel RAMIS et de l'interface utilisateur, la conception de la base de données images, la réalisation de l'interface d'annotation qui permettra de formaliser la connaissance de biologistes experts et l'intégration des différents algorithmes de traitement d'images et de classification développés par les partenaires scientifiques.

Financement

Le projet RAMIS a été labellisé le 20 avril 2007 par le Pôle de Compétitivité Cancer-Bio-Santé de la Région Midi-Pyrénées et financé sous forme de convention FCE par la Direction Générale des Entreprises.
Les travaux ont débuté le 1er octobre 2007.

Pôle Cancer-Bio-Santé
Coordonnées des partenaires du projet
Institut de Recherche Pierre Fabre

UMR2587 CNRS-Pierre Fabre, CRP
3 Rue des Satellites
31400 Toulouse
France

+33 (0)5 34 32 14 00

+33 (0)5 34 32 13 50

www.pierre-fabre.com

ARMINES

Centre de Morphologie Mathématique et Centre de BioInformatique
60 Boulevard Saint Michel
75272 Paris Cedex 06 - France

+33 (0)1 64 69 47 06

+33 (0)1 64 69 47 05

cmm.ensmp.fr

CNRS

UMR2587 CNRS-Pierre Fabre
3 Rue des Satellites
31400 Toulouse
France

+33 (0)5 34 32 14 00

+33 (0)5 34 32 13 50

www.cnrs.fr/midi-pyrenees

ADCIS

3 rue Martin Luther King
14280 Saint-Contest
France

+33 (0)2 31 06 23 00

+33 (0)2 31 06 23 09

www.adcis.net

'MeTiS' Caractérisation des populations inclusionnaires

Contactez Datamet pour plus d'informations

MeTiS : application logicielle pour la caractérisation automatique des populations inclusionnaires dans l'industrie métallurgique

MeTiS a été développé par Datamet pour caractériser automatiquement les populations inclusionnaires à partir d'images provenant d'un microscope optique ou d'un système composé d'un microscope électronique à balayage et d'un analyseur EDS.

Version pour la microscopie électronique

Intégrées au MEB-FEG JEOL, l'analyse d'image (basée sur Aphelion™) et l'analyse chimique (EDS PGT) permettent de détecter et d'analyser les inclusions dans les meilleures conditions. MeTiS est un logiciel complet de contrôle du microscope et d'analyse d'image comprenant trois modules distincts :

  • Metis pour la mesure des paramètres morphologiques et chimiques
  • meTis pour le traitement et de mise en forme des résultats
  • metiS pour la simulation des méthodes de mesure

Simple et conviviale, l'interface de MeTiS assiste de manière logique l'utilisateur durant le paramétrage des sessions de mesure, des méthodes d'analyse ou de simulation, tout en permettant d'obtenir un grand nombre de possibilités.

meTis et metiS sont indépendants du matériel d'analyse (MEB-FEG et EDS). Ils peuvent être utilisés sur des postes déportés.

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Metis (mesure)

Un couplage fort entre le MEB-FEG (JEOL JSM-6500F), le système d'analyse EDS et le logiciel d'analyse d'images (Aphelion) permet une caractérisation optimale des inclusions de diamètres variant de quelques centaines de nanomètres à quelques dizaines de micromètres.


Les principales spécificités de Metis sont :
  • nombre d'échantillons uniquement limité par la taille de la platine et la taille des échantillons
  • aucune limite sur le nombre de zones de mesure sur chaque échantillon
  • mesures possibles sur des échantillons rectangulaires ou circulaires
  • possibilité d'enchaîner des caractérisations avec des conditions de mesures différentes
  • aucune limite sur la durée de mesure
  • choix du type d'image et des conditions d'acquisition
  • méthodes variées de balayage de la zone de mesure
  • changement de grossissement possible au cours de la session de mesure
  • mise au point automatique sur chaque champ
  • distinction jusqu'à trois phases de la matrice par seuillage
  • choix des éléments chimiques à analyser sur les différentes phases
  • choix des conditions d'analyse (position de l'analyse chimique, durée)
  • sauvegarde des images des inclusions ou des champs à la demande
  • choix parmi différentes options de mesure (traitement des images, filtres, etc.)
  • possibilité de débrayage en mode semi-automatique (mise au point manuelle et/ou seuillage manuel...)
  • sauvegarde automatique des résultats
  • session de travail définie par les références utilisateur, essai, échantillon, etc.

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Les avantages de Metis Mesure sont :
  • caractérisation automatique des inclusions de diamètre supérieur à 500 nm
  • caractérisation des inclusions plus petites en mode semi-automatique
  • mise en données simple et rapide
  • paramétrage complet pour multiplier les méthodes
  • observation et mesures à différents grossissements (optimisation du temps d'analyse...)
  • mesures des paramètres morphologiques et chimiques sur un grand nombre d'inclusions (jusqu'à plus de 100/heure)
  • possibilité d'analyser plusieurs échantillons avec des conditions de mesure différentes
  • optimisation de l'utilisation du microscope (fonctionnement 24 h/24 possible)
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Exemples d'inclusions détectées

meTis (traitement)

Le logiciel de traitement, dissocié du logiciel de mesure, permet des exploitations multiples des données des fichiers de mesures, et une restitution des résultats dans Microsoft Excel.


Les principales spécificités de meTis sont :
  • possibilité de traitements différents sur chaque fichier de mesure
  • traitement des fichiers de résultats (fusion, filtrages, etc.)
  • constitution de tableaux de résultats
  • constitution de multiples graphes (cartographie, histogramme, etc.)
  • reconnaissance automatique des populations inclusionnaires
  • traitement de base de données des images des inclusions
  • constitution de rapport de résultats (méthodes spécifiques ou normes)
  • fonctions "macros"

Les avantages de meTis Traitement sont :
  • traitement indépendant de la mesure
  • traitement multiple d'une base de données
  • système expert pour identifier les populations inclusionnaires
  • rapports automatiques dont les normes ASTM E45 (2005), DIN 50602 (1985), ISO 4967 (1998), JIS G 0555 (2003) et EN 10247 (2007)
metiS (simulation)

Le logiciel de simulation permet d'accéder aux paramètres statistiques des différentes méthodes par des mesures calculées sur des échantillons virtuels.

Les avantages de metiS Simulation sont :
  • calcul de l'incertitude pour une méthode de mesure donnée
  • comparaison de différentes méthodes
  • détermination des conditions de mesures optimales


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Un article présentant l'application est paru dans la revue JEOL News de juillet 2006.



Version pour la microscopie optique

La version de MeTiS pour la microscopie optique propose les mêmes fonctionnalités que la version pour la microscopie électronique, à l'exception des fonctionnalités suivantes :

  • caractérisation des inclusions de diamètre inférieur à 0,5 µm
  • analyse chimique et traitement des données découlant de cette analyse
  • changement de grossissement en cours de session

Joints de grains

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Exemple de détection de joints de grains

Ce logiciel permet de résoudre un problème classique en science des matériaux, à savoir la détection des joints de grains. Par exemple, plusieurs normes ASTM font référence à cette détection.

L'interface utilisateur apparaît comme une combinaison de plusieurs fenêtres avec des boutons appelant quelques fonctions de traitement d'images et de morphologie mathématique. La combinaison judicieuse de ces fonctions permet de détecter automatiquement les grains et leurs frontières, en appelant des fonctions de segmentation et d'analyse de taille et de forme. L'utilisateur a très peu de paramètres à spécifier avant de lancer la détection et l'image en sortie de l'algorithme contient les frontières amincies et d'épaisseur un pixel.

Ce logiciel correspond tout à fait aux attentes des métallurgistes qui désirent automatiser la détection de grains dans un matériau et quantifier le nombre de phases et d'inclusions dans un acier. Le logiciel repose sur un programme autonome qui prend une image au format TIFF en entrée et qui génère une image au même format en sortie. Toutes les mesures sont exportées dans un fichier au format Microsoft Excel. La version de démonstration est un exécutable Visual Basic.

Les avantages du logiciel de détection de joints de grains sont :

  • Logiciel autonome utilisable depuis n'importe quel PC sous Windows
  • Résout le problème non trivial de détection en amont de toute mesure ASTM
  • Pas de phase d'apprentissage - Peut être utilisé par un technicien non expert en traitement d'images
  • Automatique à 99%. Très peu de paramètres doivent être spécifiés par l'utilisateur
  • Entièrement compatible avec tout matériel d'acquisition supporté par le logiciel Aphelion, comme un microscope optique ou numérique
  • Fournit en sortie une image binaire et des mesures exportées dans un tableur

Algorithme utilisé :

L'algorithme inclut une détection de contours, deux transformations de type Chapeau Haut de Forme afin de résoudre les problème d'éclairage non uniforme, une détection de contours, des filtrages, des opérations d'érosion et dilatation afin de nettoyer les contours, un algorithme de ligne de partage des eaux et un squelette par zone d'influence.

ARIES: Process images of the cornea acquired by a confocal microscope

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ARIES (AlConfocal Rapid Image Evaluation System) is a software product developed by ADCIS for Alcon Laboratories to automatically process images of the cornea acquired by a confocal microscope.

Confocal microscopy allows for high resolution, reliable, real time, imaging of the living corneal microstructure including normal corneal morphology, pathogen invasion, dystrophies and degenerations, post surgical management, dry eyes, drug toxicities, endothelial monitoring and contact lens related changes.

Two modes are available in the software: Automatic and Manual. In Manual mode, the user can interactively draw annotations in the image overlay to mark each cell and save those annotations on disk in a file at the Aphelion™ format (.aso). In automatic mode, the automatic segmentation of the nerve layer, the Wing Cell and the Immune Cell can be performed, measurements on the resulting objects can be computed, and histogram of one selected measurement can be displayed in the graphical user interface (GUI). In Post-Processing Editing Mode, the user can interactively annotate objects resulting from the automatic segmentation.

An article describing the application is published in the journal Cornea magazine.

ARIES Capabilities

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The ARIES software product has the following capabilities:

  • Automatic detection of Nerve, Immune Cell and Wing Cell
  • User modification of segmentation results
  • Manual Cells counting
  • Manual and Automatic counts comparison
  • Shape and statistical measurements
  • Display of the automatic segmentation result in a grid
  • Excel report generation grouping all the data relative to the processed image series

Technical Specifications

ARIES is a stand-alone, software product that can be installed on any personal computer running Windows® XP or higher. Images need to be accessible from a hard drive or from network storage, and organized in folders to be processed by the software, each folder containing a confocal image series. All ARIES measurements are calibrated and output in real-world units. The calibration value is manually entered in the ARIES Software as a single value.

Video tutorial

Ploidics: DNA Quantization and Ploidy Analysis

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Segmentation results for one image of an image sequence, with Image Gallery shown

Typical ploidy histogram

Ploidy analysis is a test performed on cells using either an optical microscope hooked to a computer or a flow cytometer. It is based on the fact that tumors with a diploid pattern of DNA amounts tend to be benign. On the other hand, tumors with highly variable DNA patterns tend be more malignant.

The Ploidics™ product is a stand-alone, software product that performs image processing and image analysis on digital images captured with an optical microscope and stored on a computer. It also processes virtual slide images of any size and depth. Ploidics is an automatic tool to measure abnormal DNA content in individual cells in a mixed population of cells. It includes a fully automatic, powerful, and innovative segmentation process, an editing tool to manually annotate the segmentation result if desired, and an automatic computation of a histogram showing the DNA mass distribution of the cell population.

Capabilities

The Ploidics software product has the following capabilities:

  • Automatic splitting of touching nuclei
  • User selection of nuclei size used in the analysis
  • User decision to keep or discard heterogeneous nuclei
  • User specification of color band to be processed based on the stain selected
  • User modification of segmentation results to select/deselect cells used in the Ploidy analysis

Technical Specifications

Ploidics is a stand-alone, software product that can be installed on any personal computer running Windows® XP or higher. Images need to be accessible from a hard drive or from network storage, and organized in folders to be processed by the software. All Ploidics measurements are calibrated and output in real-world units. The calibration value is manually entered in the Ploidics Software as a single value.

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